Ce mode de dépollution n'existe que depuis les années 1990, il est basé sur la capacité de certains êtres vivants a filtrer et accumuler les éléments toxiques dans leur organismes ou à s'en servir pour se nourir. Ce mode de dépollution résoud un grand problème des modes classiques, le coût de celui-ci est moin élevé. Cependant, d'autres problèmes importants se  posent :    

                     - Il y a de forts risques de prolifération des organismes utilisés     

                     - Ces organismes peuvent atteindrent une profondeur importante dans les terres (soit par leur croissance naturelle ou par la manière dont ils sont mis en oeuvre par l'homme).  

                    - la lenteur d'action posent aussi problème, qui peut durer de quelques mois à quelques années

                    - Alors que dans les laboratoires les tests peuvent être concluant, la mise en oeuvre sur les terrains peut être décevante. Par exemples, si les concentrations en polluant sont trop importants ou encore si la nature comporte des aléas qui pourrait compromettre la croissance de ces organismes.

Cette méthode est donc mis en oeuvre avec les méthodes de dépollution vues précédemment.

     La dépollution des sols est un système écologique qui permet de "nettoyer" les terres souillées par la pollution, la plus souvent industrielle. Mais ce système est très couteux aussi bien par les produits et machines utilisés que par le temps et la connaissance qu'il implique. En effet pour pouvoir dépollué un terrain il faut tout d'abord connaître l'historique de ce terrain, effectué des tests ainsi que des plans et des bilan. Aujourd'hui ce sont des entreprises comme Rhodia, Anticorp-chimie ou encore l'AFTRP.
  Les différentes dépollutions des sols sont classée en 2 catégories:
     - sur-site: - la dépollution par remplacement
                       - la dépollution biologique
   

      - hors-site:- la dépollution phisico-chimique
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 Il y a de nombreuses conséquences de la pollution des sols. Premierement les engrais souvent trop utilisés en agriculture ont engendrés une grande quantité de nitrates, qui ont dévellopés a leurs tour des algues vertes qui envahissent les plages de la Bretagne aujourd'hui.

 Ensuite les déchets stockés dans les sous-sols vont entrainé une déformation des paysages.

Enfin la plus importante de ces conséquences est la disparition de certaines espèces de la faune et de la flaure. En effet de plus en plus de plantes et d'animaux disparaisent, ce qui bouleverse l'écosystème mis en place. Par exemple avec la pollution des eaux, les écrevisses présentent dans les rivières deviennent de moins en moins nombreuses. Les poubelles tel que les sacs plastiques font aussi de nombreux dégats : en mer, les tortues croyant manger une méduse mangent un sac plastique et s'étouffent avec...